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정부가 연구개발(R&D) 활성화를 위해 운영 중인 신성장·원천기술 세액공제가 무분별하게 확대되면서 효율적인 관리가 필요하다는 조세재정연구원의 지적이 나왔다.

31일 조세재정연구원의 ‘재정포럼 1월호’에 따르면 지난 5년간 신규 지정된 기술만 126개에 달하지만 폐지된 기술은 29개에 불과한 것으로 나타났다.

신성장·원천기술로 지정되면 기업들은 연구·인력개발비 세액공제를 받을 수 있다. 현재 중소기업은 30~40%, 중견기업 및 일반기업은 20~30%의 세액공제 혜택을 적용받는다.

문제는 이러한 세액공제 제도가 대부분 반영구적으로 운영된다는 점이다. 신성장 원천기술 세액공제는 2010년 이후 지속적으로 적용기한이 연장됐으며, 별도의 일몰 조항이 없어 사실상 자동 연장되는 구조다. 예를 들어 2019년 신성장 기술로 지정된 3D 프린터 소재ㆍ장비 개발 및 제조기술은 현재까지 유지되고 있다.

보고서는 연구개발 세액공제의 비중과 재정 부담도 커지고 있다고 분석했다. 2023년 기준 연구인력개발비 세액공제 규모는 4조6000억원으로, 전체 국세 감면액의 약 7%를 차지했다. 2024년 R&D 관련 총예산이 감소하면서 세액공제 규모도 줄었지만 지난해 2조9000억원에서 올해 3조 원으로 다시 증가할 것으로 전망된다.

조세연은 “필요성이 인정되는 소수의 기술로 범위를 제한하고, 이미 상용화됐거나 첨단성이 높지 않은 기술은 일반 연구개발비 세액공제로 전환하는 방식이 필요하다”고 제언했다.